Kobiet jest na świecie nieznacznie więcej niż mężczyzn. Między innymi dlatego, że w genotypie mężczyzny znajdują się dwa różne typy chromosomów warunkujących płeć, przez co rośnie ryzyko wystąpienia chorób genetycznych. W komiksie Y: Ostatni z mężczyzn w ciągu sekundy umierają prawie wszystkie wyposażone w męski chromosom stworzenia na świecie. Przy życiu pozostają jedynie główny bohater i jego małpa. Pojawia się pytanie, jak kobiety, od zawsze odsuwane od sterów świata, będą funkcjonować w tym feministycznym ultra-raju?

Głównym bohaterem historii jest Yoryk Brown, archetypiczny młody nieudacznik, którego głównym zadaniem z punktu widzenia fabuły jest pakowanie się w tarapaty. Dwa miesiące po tytułowej "zarazie", Yoryk w przebraniu opuszcza swoją kryjówkę i rusza na niezapowiedziane spotkanie z matką – przedstawicielką kongresu Stanów Zjednoczonych. Szybko okazuje się, że Yoryk stanowi jedyną szansę na ocalenie ludzkości i swoje najbliższe plany będzie musiał podporządkować misji ratowania świata.